Năm 1990, Trung tâm Bảo tồn Di tích Cố đô Huế dời các hộ dân đã ở trong phạm vi phế tích Cung Trường Sanh ra ngoài khu vực.

Ngày 5 tháng 1 năm 2005, Trung tâm Bảo tồn di tích cố đô Huế đã khởi công dự án tu bổ, phục hồi khu di tích Cung Trường Sanh, với tổng kinh phí gần 30 tỷ đồng. Dự án hoàn thành vào năm 2007 với việc tu bổ 4 gian nhà trong cung, phục hồi lạch Đào Nguyên, các hòn non bộ, hồ Tân Nguyệt, vườn cảnh, tường thành, cổng hoàng cung, đồng thời lát gạch Bát Tràng trong sân của toàn cung.